По мере продвижения к высокогорью путешественник пересекает пять растительных поясов: 700-1200 м - эфемерово-эфемероидная растительность, 1200-1500 м - листопадно-древесно-кустарниковая растительность, 1500-2300 м - арчевники, 2300-2800 м - растительность колючеподушечников и горных степей, выше 2800 м - альпийская растительность. Самыми распространенными являются семейства: Астровые (сложноцветные) (Asteraceae), Мотыльковые (бобовые) (Fabaceae), Мятликовые (злаковые) (Роасеае). Суперполиморфными родами являются: Astragalus Allium Cousinia. Около 650 видов растений используются в медицине, а 400 используются как пищевые.
Рыбы - 20.
Самая распространенная и известная рыба в горных реках - это маринка, которая живет в промоинах и углублениях рек. Большинство рыб - это иммигранты, акклиматизированные или случайно заселенные.
Два вида амфибии (земноводные) Западного Тянь-Шаня знакомы многим - это озерная лягушка и зеленая жаба. Последняя обитает в долинах рек до самых снежников, а другая - только в теплых водах озер и по берегам рек.
В предгорьях и низкогорьях комфортно себя чувствуют рептилии - серый геккон, разноцветный полоз, пустынный гологлаз, водяной уж, желтопузик. Полоза (узорчатый, поперечнополосатый, разноцветный) можно встретить в среднегорьях. Особые неприятности возникают при встрече с щитомордником и серой гадюкой - ядовитыми змеями. Успокаивает то, что ядовитые змеи не нападают первыми. Необходимо быть осторожным, внимательным, идя по тропе или располагаясь на привал.
Особо приятный шум во время путешествия создают птицы. По предгорьям - это жаворонки (полевой, двупятнистыи, тонкоклювый), желчная овсянка, просянка, черноголовый чекан. В лиственных лесах можно услышать и увидеть иволгу, белокрылого дятла, серую мухоловку, большую синицу, большую горлицу, вяхиря, сплюшку. Арчевники привлекают арчевого дубоноса, арчевую синицу, черноголовую завирушку, дрозда-деряба, обыкновенного неясытя. В высокогорных лугах и степях обитает рогатый жаворонок, горный конек, гималайский вьюрок, гималайский улар, гималайская завирушка, бородач. На скалах и осыпях можно увидеть бурого голубя, кеклика, черного ворона, пустельгу, домового сыча. Редким и экзотическим видом является райская мухоловка, которая гнездится в Чаткальском заповеднике.
Если говорить о млекопитающих, то в сухих степях низкогорий обитает слепушонка, обыкновенная полевка, заяц-толай, дикобраз, барсук. В лесах среднегорий встречается туркестанская крыса, лесная соня, лесная мышь, барсук, кабан, лисица. В арчевниках можно увидеть ласку, арчевую полевку. В высокогорных степях находят себе пропитание красный сурок, реликтовый суслик, серый хомячок. Встречается белокоготный медведь.
На скалах и осыпях встречаются сибирский козел, подковонос, красная пищуха. На территории Угамского заповедника обитает сурок Мензбира, занесенный в Красную книгу Узбекистана.
Ландшафты
Большая часть Угам-Чаткальского Национального Парка рассматривается как единая горная экосистема бассейна реки Чирчик. В ландшафтоведении выделено несколько физико-географических комплексов:
